Metro City'i defalarca kez tehdit eden mega zeka son karşılaşmada Metro Man'i öldürür. Fakat onunla birlikte hayatta ki tek amacını da yok eder. Hayattan hiç zevk almamaya başlayan Mega zekanın aklına bir gün müthiş bir fikir gelir ve yeni bir süper kahraman yaratmaya karar verir. Ama bir sorun vardır bu süper kahraman ya kötü biri olursa...