Tokyo'nun dış mahallelerinde, gözlerden uzak bir yerde, eski ve gizemli bir hastane bulunmaktadır. Burası, sıra dışı vakaların ve gizemli olayların merkezi haline gelmiştir. Hastanenin adı "Kodoku no Byouin" yani "Yalnız Hastane"dir.

Ana karakterimiz, genç bir doktor olan Ayumi, bu gizemli hastanede çalışmaya başlar. İlk başta sıradan bir hastane gibi görünen Kodoku no Byouin, kısa sürede Ayumi'nin gözlemleriyle tuhaflıklarla dolu bir yer olduğunu ortaya çıkarır. Hastane, hayaletlerin, doğaüstü varlıkların ve insan bilgisinin ötesindeki olayların merkezi haline gelir.

Ayumi, hastanenin sırlarını çözmek için bir araştırmaya girişirken, aynı zamanda hastalarını tedavi etme ve onları koruma sorumluluğunu da üstlenir. Ancak, Kodoku no Byouin'de gizemli olayların derinliklerine indikçe, kendi geçmişiyle de yüzleşmek zorunda kalır.

Hastanede yaşanan olaylar, Ayumi'nin kendi inançlarını, korkularını ve sınırlarını sorgulamasına neden olur. Onunla birlikte çalışan diğer doktorlar ve hemşireler de hastanenin gizemlerini araştırmaya katılırken, her biri kendi iç yolculuğunu yaşar.

"Kodoku no Byouin: Yalnız Hastane", gerilim dolu sahneleri ve dobralığıyla izleyicilere Japon korku ve gizem sinemasının derinliklerine doğru bir yolculuk sunar. Hastanenin duvarları arasındaki sırları keşfederken, karakterlerin kendi karanlık ve unutulmaz yolculuklarına tanıklık edilir.